بدأت الدراسات العليا (الماجستير والدكتوراه) في الجامعة العالمية للعلوم الإسلامية في العام الدراسي 1995–1996. المنهج المعتمد في الدراسات العليا في الجامعة هو المنهج البريطاني القائم على البحث (Research) ومتابعة الأستاذ المشرف وتقديم الحلقات الدراسية (السمينارات) ثم إجراء المناقشة، كما هو الحال في الجامعات البريطانية المعروفة.